Degut a que l'arxiu municipal va ser cremat durant la Guerra Civil  la història d'Arnes és una mica desconeguda.

Com a tota la zona els primers pobladors van ser els Íbers, concretament la tribu dels Edetaris.

Durant la dominació Àrab, Arnes ja existia, doncs hi ha proves com el pouet de la neu, el Castell, l'antiga muralla i l'azut de la Venta de la Ratlla. Sembla que la zona va ser reconquerida per Alfons I  al segle XII (es creu que és en aquesta època quan apareix el topònim d'Arnes) i ja cap al segle XIII Arnes i Horta van ser donades com a recompensa als Cavallers del Temple (Comanda d'Horta 1205). Més tard, a la primeria del segle XIV, Arnes va passar als Hospitalers.

L'any 1463 Arnes i Horta van ser conquerides per Joan II.

Es desconeixen notícies d'Arnes durant el regnat dels Reis Catòlics.

És durant la guerra de Successió que els habitants d'Arnes, com els de tota Catalunya, lluiten contra Felip de Borbó (imposat per les Corts l'any 1701), finalment i després de la derrota al 1714, la situació d'inseguretat fa que la gent del poble es refugiï al Port.

Al segle XIX  l'ajuntament d'Arnes era liberal, i la Casa de la Vila fou cremada per les tropes carlines, l'any 1833, durant la 1ª guerra Carlista.

Durant la Guerra Civil a Arnes no hi va haver batalla, ara bé els saquejos i la por hi van abundar. Primer van ser militants de la CNT-FAI els que van cremar l'església i saquejaren cases particulars fent fugir la gent. Després, al final de la guerra, van ser  les tropes "nacionals" i els seus aliats els que van saquejar, afusellar i fer marxar molta gent a coves i masos.

Després de 40 anys de dictadura i repressió, i amb la tornada de la democràcia, l'Ajuntament d'Arnes sempre ha estat governat per partits nacionalistes.